Les instances
L' Assemblée Générale
L’Assemblée Générale a pour tâche d’évaluer les besoins de la Communauté, d’élaborer une stratégie, de prendre les décisions définissant la politique à mettre en œuvre, de voter le budget. A chaque renouvellement, elle désigne en son sein un Conseil Exécutif.
Le Conseil Exécutif
Le Conseil Exécutif est composé du Président de la Communauté et de dix autres membres. Il élit en son sein un Vice-Président, un Trésorier et un Secrétaire qui, avec le Président, forment le Bureau. La durée du mandat des membres du Conseil Exécutif est de quatre ans, renouvelable une fois.
Le Secrétariat Général
Le Secrétariat Général, basé à Montpellier (France), est composé d’un Secrétariat Général, des deux pôles Animations et Projets/Echange de Personnes et d’un Service Communication.
Les Coordinations
Les Coordinations sont des commissions techniques mises en place par l’Assemblée générale. Aujourd’hui au nombre de deux, elles relèvent de l'Assemblée générale et sont composées, chacune, de huit membres. Sur proposition des Eglises membres ou associées, elles sont nommées par le Conseil exécutif, en tenant compte des compétences requises, d'une répartition régionale équitable, ainsi que d'un équilibre entre hommes, femmes et jeunes. Ces coordinations rendent compte de leur activité à l'Assemblée générale dans le cadre du rapport du Secrétariat.