L'Assemblée Générale réunit les délégués représentant les Eglises membres. Nommés pour 4 ans, ils se réunissent une fois tous les deux ans pour une session d’environ 10 jours qui se tient alternativement dans une Eglise d'Europe et dans une Eglise d’un pays du Sud.
L’Assemblée Générale a pour tâche d’évaluer les besoins de la Communauté, d’élaborer une stratégie, de prendre les décisions définissant la politique à mettre en œuvre, de voter le budget. A chaque renouvellement, elle désigne en son sein un Conseil Exécutif.