La Cevaa organise ses activités selon les axes de travail suivants :
- l'Animation Théologique
- les programmes et projets missionnaires des Eglises membres
- l'échange de personnes
- la Formation et les Bourses
- l'information et la communication
- la justice et les droits de la personne humaine
- le renforcement des liens régionaux
Depuis son assemblée Générale tenue en 2004 à Strasbourg en France, la Cevaa et ses Eglises membres travaillent sur les axes suivants:
- Programmes et projets missionnaires
- A la rencontre de nos voisins : dialogue interreligieux
- La migration
- La question de la maladie notamment du Vih et Sida
- La question de la Paix avec la Caravane des femmes pour la paix lancée en 2006 à Bouznika au Maroc et qui a été accueillie à Neuchâtel en Suisse en 2008
- La question de la jeunesse
- La question de la formation
- Le renforcement des liens régionaux